Ο Γιάνης Κορδάτος γεννήθηκε στη Ζαγορά Πηλίου 1891, τόπο που δεν ξέχασε και στον οποίο αφιερώνεται το τελευταίο ολοκληρωμένο του έργο "Ιστορία Επαρχίας Βόλου & Αγιάς". Φοίτησε σε σχολεία της Σμύρνης και της Κωνσταντινούπολης, και τέλειωσε το γυμνάσιο στον Βόλο. Σπούδασε νομικά και κοινωνιολογία στην Αθήνα. Υπήρξε πολυγραφότατος, μελετητής της ελληνικής ιστορίας από την αρχαιότητα έως την σύγχρονη εποχή.
Ήταν ένα από τα ιδρυτικά στελέχη της "Φοιτητικής Συντροφιάς" και του Σοσιαλιστικού Εργατικού Κόμματος Ελλάδος - Κομμουνιστικό ή ΣΕΚΕ(Κ) (1920), προκατόχου του ΚΚΕ, και διετέλεσε γενικός γραμματέας του (1920-1924) και διευθυντής του Ριζοσπάστη (1922-1924). Το 1927, αποχώρησε από το ΚΚΕ, επειδή διαφώνησε με τις θέσεις του κόμματος για την Μακεδονία. Συνέχισε ωστόσο να είναι κοντά στο ΚΚΕ, και γι' αυτό φυλακίστηκε στα χρόνια της δικτατορίας του Μεταξά, έχοντας δράση τόσο στο ΕΑΜ και στην ΕΔΑ.
Το βιβλίο του "Η κοινωνική σημασία της Ελληνικής Επανάστασης", που κυκλοφόρησε το 1924, ήταν ένα από τα πρώτα δείγματα του "ιστορικού υλισμού" στην Ελλάδα, και προκάλεσε ποικίλες και έντονες αντιδράσεις. Παρόμοιες αντιδράσεις προκάλεσε και το μεγαλύτερο του έργου του όπως οι τόμοι της "Μεγάλης Ιστορίας της Ελλάδος", καθώς τα γραπτά του λογοκρίθηκαν και απαοδορεύθηκε η κυκλοφορία τους.
Ο Γιάνης Κορδάτος ήταν μεγάλος γνώστης της Ελληνικής Γραμματείας, αρχαίας και νέας, και ασχολήθηκε επαγγελματικά ως επιμελητής των εκδόσεων της κλασικής Ελληνικής Γραμματείας, που κυκλοφόρησαν από τον οίκο του Ι. Χ. Ζαχαρόπουλου. Αφιέρωσε τα τελευταία χρόνια της ζωής στην προσπάθειά του να ολοκληρώσει μια σύνθεση της ιστορίας του ελλαδικού χώρου από τα προϊστορικά χρόνια έως το 1924, ένα εγχείρημα στο οποίο αφιέρωσε πολλές δεκαετίες.
Πέθανε αιφνίδια τέλη Απριλίου του 1961, ενώ προετοίμαζε ένα αφιέρωμα-άρθρο για την εγρατική πρωτομαγιά. Σήμερα, στην γενέτειρά του Ζαγορά, λειτουργεί πολιτιστικός σύλλογος που φέρει το όνομά του, ενώ το Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας τον τίμησε δίνοντας το όνομά του σε κεντρικό αμφιθέατρο στο κτίριο Παπαστράτου στον Βόλο.